我国内陆湿地生态系统主要分布在青藏高原等区域
数量上仅次于森林生态类型保护区的是内陆湿地类保护区（国际湿地公约给出的湿地定义包含了水深不足6米的浅海区域，而在自然保护区保护对象分类中这部分保护地划归为海洋海岸类保护区），现有58个，占到国家级自然保护区的12%；此外，还有如黑龙江新青白头鹤国家级自然保护区、碧水中华秋沙鸭国家级自然保护区、安徽扬子鳄国家级自然保护区等以濒危物种为主要保护对象的保护区也以湿地生态系统为主。湿地是河流、湖泊、沼泽等水生环境的统称，这一概念引入我国较晚，在1992年我国加入国际湿地公约后才逐渐被使用。我国的内陆湿地生态系统主要分布在青藏高原、长江、黄河中下游以及东北三江平原。
江西鄱阳湖国家级自然保护区是多种濒危鸟类的重要越冬地，也是多种淡水鱼类的重要栖息地。大片的挺水植物如芦苇，是震旦鸦雀、斑背大尾莺等众多雀形目鸟类的觅食场所；浅水区和泥滩里，沉水植物的块茎和软体动物是白鹤的主要食物；更深的水域中则游弋着濒危的江豚。
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