国家海洋局2014年对海南岛周边近海污染情况的调查报告中显示，从陵水内湾海水成分分析，这里主要污染因子是无机氮和活性磷酸盐，成因除了万泉河和陵水城市生活污水入海湾外，海水养殖也是不容忽视的问题，而且占很大比例。以养石斑鱼为例，陵水养殖户每天都会有30%的饵料未被摄食，残饵溶生的氮、磷等营养物质是邻近浅海的主要污染源。同时由于网箱多集中在浅海区域，水流不畅，海洋物质交换缓慢，导致养鱼网箱附近的海水污浊不堪，底部海域几乎成了“不毛之地”，海藻和其他生物根本无法生存，这也导致一些危害鱼体的菌群大量繁殖，导致陵水海湾酷似死海。图为海南东寨港附近的海岸边有许多这样的垃圾。生活垃圾、工业废料、废水大量入海，导致许多近海生物因丧失栖息环境而大量灭绝，海洋食物链出现断层，近海渔业资源枯竭。
