新医改方案指出，2009年初，公布国家基本药物目录。从2009年起，政府举办的基层医疗卫生机构全部配备和使用基本药物，其他各类医疗机构也都必须按规定使用基本药物，所有零售药店均应配备和销售基本药物。基本药物全部纳入报销目录，报销比例明显高于非基本药物。

　　在《征求意见稿》中，基本药物“由国家实行招标定点生产或集中采购”，而在新医改方案中，这一条改为“实行公开招标采购”，取消了“定点生产”，意在更好地发挥市场机制的作用。

　　“基本药物”的概念，是世界卫生组织于上世纪70年代提出的，指的是能够满足基本卫生保健需求，具有足够数量，人民能够公平享有的药品。据介绍，1979年，我国开始引入“基本药物”的概念。由于我国一直没有建立完整的国家基本药物制度和政策，基本药物管理一直处于“有目录而无制度的状态”，群众基本用药不能得到有效保障。

　　卫生部药物政策与基本药物制度司司长郑宏指出，建立国家基本药物制度必须坚持保基本、广覆盖的原则，保障群众的基本医疗卫生服务和基本用药需求，以有限的资源取得最大的健康效益。

　　中国医药企业管理协会会长于明得认为，建立国家基本药物制度，是保障人民用药安全的重要举措。基本药物是救治生命的必需药物，而不仅仅是廉价药物。国家基本药物目录是按照防治必需、安全有效、价格合理、使用方便、中西药并重的原则，结合我国用药特点，参照国际经验，合理确定品种和数量。实际上，百姓常见病的首选药物，既是高质量的，又是价格合理、数量充足的，而且报销比例会比较高。

　　公立医院改革是医改的重点，也是最大难点。长期以来，我国实行“以药补医”政策，导致公立医院盲目逐利，背离公益性。新医改方案指出，推进公立医院补偿机制改革，加大政府投入，完善公立医院经济补偿政策，逐步解决“以药补医”问题。

　　新医改方案提出，通过实行药品差别加价、设立药事服务费等多种方式，逐步改革或取消药品加成政策。

　　所谓药品差别加价，是指医院在销售药品的过程中，根据药品购进价格的高低，按照有差别的加价率加价销售，进价低的药品允许加价率高一些，进价高的药品加价率则要从低。所谓药事服务费，主要补偿医务人员的劳务价值，与销售药品的金额不直接挂钩。

　　北京朝阳医院院长王辰认为，这意味着公立医院公益性的回归。今后，我国逐步将公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道，改为服务收费和财政补助两个渠道。取消药品加成后，医院由此减少的收入或形成的亏损，通过增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准和增加政府投入等途径解决。

　　河南平顶山医疗集团总医院院长任文杰指出，新医改方案提出了很多新概念，例如完善医院法人治理结构、建立住院医师规范化培训制度、探索注册医师多点执业的办法和形式等。这些都是公立医院改革的重大课题，需要逐步探索和积累经验，以创新的思维开拓创新的制度。