1986年1月，莱索托武装部队司令莱哈尼耶少将发动军事政变，接管政权并禁止政党活动;1991年4月，莱再度发生政变，拉马迈上校接管政权。1993年3月，军政府“还政于民”，举行第二次大选。1994年1月，莱武装部队士兵要求加薪一倍而遭到政府拒绝，引发了军队中对立两派的武装冲突，后在非洲统一组织代表博茨瓦纳外交部长瓦莱格瓦依拉的调解下才实现停火。同年4月14日，军队中有不满情绪的士兵再度闹事，枪杀了莱索托副首相兼财政、经济和人力开发大臣巴霍洛，并一度逮捕了4名内阁大臣，后在津巴布韦和博茨瓦纳调停下才解决危机。1998年，由于该国反对党不承认大选结果并举行抗议活动，部分军人哗变，引发严重动乱。最终，南非等国以南部非洲发展共同体的名义派军队进入莱索托平定动乱，数十名南非军人在行动中丧生。
近两年来，莱索托一直由一个脆弱的联合政府掌控，各政党之间勾心斗角，军队与警察又忠实于不同的政党，造成莱索托局势的不稳。
