在强势局长凯利的领导下，NYPO超过1000名反恐警员，有效地保卫纽约人、游客、联合国外交官们不会遭受又一次911事件的袭击。

　　过度安保

　　不过强势局长领导下的NYPD在反恐工作方面如此强大，必会造成和美国其他反恐单位的权限冲突问题。和美国电视剧上表现的一样，代表地方警力的NYPD和在纽约驻扎的FBI在情报、司法管辖问题上一直牵扯不清，特别是反恐这种事关纽约，当然也事关美国、全世界，自然NYPD和FBI都认为是自己的任务范畴。而且，既然NYPD都自己派驻外联络警官了，就和美国安全局、中央情报局这样的驻外情报单位也产生了职能冲突。

　　另外，NYPD和美国国土安全部之间也有冲突。今天的国土安全部在2003年合并了美国海关，而前任海关总长凯利自然对自己前同事知根知底，所以在和国土安全部争夺联邦预算和司法管辖权时游刃有余。

　　当遇到其他联邦部门的质疑时，凯利总是以最简单的一句话进行回复：“纽约市依然是恐怖主义袭击的主要目标，我们必须达成我们的反恐任务”。当然，这话其实没错，因此公众对NYPD坐大、和联邦部门抢资源并不感冒，如果凯利不是这样的强势局长，也许就没有911后至今纽约市的宁静。

　　但公众有些不能容忍的是，凯利局长的反恐措施已经影响到了纽约市民的公民自由，和外来移民社区住户的合法权利。

　　最大争议发生在2004年共和党全国大会期间。当时，凯利实施过于严格的安保，竟然有1700名合法的反共和党抗议者被警局逮捕。更过分的是，大会召开之前，NYPD就全面秘密监视抗议团体，并且启动了发生极端恐怖袭击才会进行的郡县联动行动，超越了纽约市范围。

　　这简直是把民主党人和民间团体当成恐怖分子来对待，美国民权联盟一举把NYPD告上法庭。在法庭令要求之下，NYPD被迫公开监控和大规模逮捕计划的细节，从中可以看出，“大规模逮捕”不是手段，而是任务。无论是否有相应规模的冲撞，这些逮捕都会发生。

　　2006年，纽约警察局的“曼哈顿下城安全计划”（LMSI）也触怒了公民团体。LMSI是NYPD向伦敦苏格兰场学来的计划，要在市中心增加3000个闭路摄像头和96个车牌识别器，交由监控中心24小时监测，以第一时间对金融和商业中心的安全状况进行反应。媒体和公众对如此密集的监控是否会进一步侵犯公民自由和隐私甚至是商业秘密而感到忧虑。

　　统一战线

　　当然，凯利理解反恐的一个重要前提是族群和睦、移民融合。纽约是超级移民城市，有170种外语在使用，36%的纽约人口是移民。恐怖主义的一个重要特征是通过美国新移民来实施对美国国土打击，在这个方面的防范，如果不争取到移民主流社区的大力行动和情报支持，是无法做到的。族群多元和睦、对移民友善是NYPD反恐任务中重要一环。所以，市局不断向各种族和移民提供入职机会，开展包括阿拉伯语、乌尔都语、波斯语等多语种服务，深深扎根多元社区。

　　和其他警局设置不同，NYPD反恐局不负责社区联络（也就是社区安全线人）工作。而防范普通犯罪如凶杀、贩毒的线人联络工作向来是个脏活，当反恐局不承担这个工作之后，反而能发展纯粹干净的社区系统，这样才能比较客观地从社区获得有关恐怖主义的情报。在这个方面，虽然NYPD依然被一些公民团体批评，但与欧洲警局同行相比，凯利治下的NYPD已经做的相当出色了。

　　纽约反恐事业除了需要警局慎重处理移民社区关系之外，广泛反恐“统一战线”还得靠全社会参与。纽约穆斯林社区在911事件后成为反恐事业需要关注的主要社群，而“零地点清真寺”建筑计划引发的争议，则是观察穆斯林社区和反恐事业之间关系的窗口。

　　2001年9月11日，美国联合航空公司175航班撞向世贸大厦南楼，机头和机身残骸落在了世贸大楼以北，部分落在了世贸大厦东北向两个街区之外的帕克广场45-47号伯灵顿制衣厂，导致五层建筑彻底损毁。该地在2009年7月被转卖给穆斯林业主El-Gamal，他在社区宗教领袖伊玛目劳夫建议下，计划在原地建一个伊斯兰中心，命名为“科尔瓦多大厦”，新地址是“帕克广场45-51号”，同时成立“科尔瓦多基金会”来筹资和运作项目。由于“科尔多瓦大厦”离世贸大厦原址只有两个街区，所以被保守派媒体称为“零地点清真寺”。

　　2010年6月，“科尔多瓦大厦”物业改造通过纽约市委员会审核时被媒体曝光，由此，一场旷日持久的辩论就此拉开。