元至元十四年（1277）升为归州路，十六年（1279）降为州。

　　明洪武九年（1376）废归州置秭归县，隶夷陵州。十年（1377）再改秭归为长宁县，十三年（1380）裁长宁县复置归州。

　　清雍正七年（1729）置归州为直隶州，隶属湖北省。雍正十三年（1735）升夷陵州为宜昌府，归州直隶州降为县级州，属宜昌府，不再辖县。

　　民国元年（1912）改为秭归县，隶属荆南道。民国11年（1922），隶属荆宜道。民国21年（1932），隶属第九行政督察区。民国25年（1936），隶属第六行政督察区。

　　中华人民共和国建立后仍名秭归县，1949年～1991年，先后隶属宜昌行政区专员公署、宜都工业区行政公署、宜昌专员公署、宜昌地区革命委员会、宜昌地区行政公署。

　　1992年，宜昌地区行政公署和宜昌市人民政府合并，成立宜昌市人民政府，秭归县隶属宜昌市。

　　1991年6月15日，民政部批复（民行批[1991]18号）同意秭归县人民政府驻地由归州镇迁至剪刀峪（即茅坪镇）。

　　1992年12月26日，新城建设在茅坪镇剪刀峪奠基并开工建设。

　　1998年9月28日，秭归县县城正式搬迁至茅坪。

　　2005年，秭归县辖7个镇、5个乡，6个居委会、186个村委会。

　　2009年，撤周坪乡建九畹溪镇。